A két levéltár, illetve felettes hatóságaik, a Magyarok Nagyasszonya Ferences Rendtartomány és a Pécsi Egyházmegye között 2019 őszén létrejött együttműködési megállapodás keretében a Pécsi Egyházmegyei Levéltár számos olyan anyaggal gyarapította a Magyar Ferences Levéltár állományát, amely anyagok egykoron és eredendően a Pécsi Egyházmegye területén működő ferences plébániák és rendházak (Dunaföldvár, Máriagyűd, Mohács, Pécs, Siklós, Simontornya, Szigetvár) anyagai voltak.

A Pécsi Egyházmegyei Levéltárban 2019. május 6-tól kutathatóvá válnak a plébániai levéltárak, amelyek 2015–2018 között püspöki az egyházmegye teljes területéről beszállításra kerültek. A beszállításokkal párhuzamosan feldolgozásuk is megtörtént, így a Püspöki Levéltár és a Káptalani Levéltár mellett létrejött egy új levéltári részleg, a „Plébániai levéltárak" fondcsoportja (PEL.III.), amely több mint 200 fondot tartalmaz kb. 450 iratfolyóméter terjedelemben.

Három év előkészület után 2018. március 19-én elindult a Pécsi Egyházmegyei Levéltár online levéltári szolgáltatása (https://e-archivum.pecsiegyhazmegye.hu).

Dr. Bábel Balázs kalocsa-kecskeméti érsek 2010. október 19-én, a hajósi érseki kastélyban rendezett „Értékvédelem – Önazonosság” című konferencia résztvevői előtt jelentette be, hogy a Kalocsai Főegyházmegyei Levéltár honlapján új internetes kutatási szolgáltatás indul. Az „e-kutatás, matricula-historia-online” szolgáltatás részeként mintegy 250 ezer digitális képfelvétel válik elérhetővé a plébániák 18-20. századi anyakönyvi- és helytörténeti dokumentumairól, a levéltár regisztrált kutatói-felhasználói számára.